หลักการทำงานของเครื่องทำลายขยะทางการแพทย์นั้นอาศัยการตัดเชิงกลและการบดกระแทกเป็นหลัก อุปกรณ์นี้ใช้จานตัดและใบมีดหมุนความเร็วสูงในการตัด ฉีก และบดของเสียทางการแพทย์ที่ป้อนเข้า ของเสียจะชนกันและเสียดสีกันอย่างต่อเนื่องภายในห้องทำลายเอกสาร และค่อยๆ บดเป็นเม็ดหรือชิ้นเล็กๆ เพื่อการฆ่าเชื้อหรือการบำบัดในภายหลัง วิธีการทำลายแบบเชิงกลนี้สามารถแปรรูปขยะทางการแพทย์ได้หลายประเภท รวมถึงพลาสติก ยาง และกระดาษ ในขณะที่ลดปริมาณของเสียไปพร้อมๆ กัน
ระบบไฟฟ้าของเครื่องทำลายเอกสารมีความสำคัญอย่างยิ่งในการขับเคลื่อนกระบวนการทำลายเอกสาร มอเตอร์ขับเคลื่อนจานตัดให้หมุนผ่านตัวลดหรือหมุนโดยตรง และใบมีดจะตัดของเสียด้วยความเร็วสูง ความเร็วในการหมุน จำนวนใบมีด และเค้าโครงจานตัดจะกำหนดประสิทธิภาพการตัดย่อยและขนาดอนุภาคเอาต์พุต แรงเหวี่ยงและแรงเฉือนที่เกิดจากการหมุนด้วยความเร็วสูงจะบดขยี้ของเสียภายในห้องทำลายเอกสารอย่างรวดเร็วและปล่อยออกอย่างเท่าเทียมกัน ซึ่งจะช่วยปรับปรุงประสิทธิภาพการประมวลผล นอกจากนี้ยังมีระบบป้องกันความปลอดภัยและระบบควบคุมการจ่ายไฟอีกด้วย โดยทั่วไปช่องป้อนอาหารจะมีอุปกรณ์ป้องกันเพื่อป้องกันไม่ให้ผู้ปฏิบัติงานสัมผัสกับใบมีด ช่องระบายได้รับการออกแบบมาเพื่อให้แน่ใจว่าการระบายของเสียที่หั่นย่อยเป็นไปอย่างราบรื่น ระบบควบคุมสามารถปรับกำลังและความเร็วของมอเตอร์ และหยุดเครื่องโดยอัตโนมัติในกรณีที่มีโหลดเกินหรืออุดตัน เพื่อให้มั่นใจว่าอุปกรณ์ทำงานอย่างปลอดภัย ด้วยการทำงานร่วมกันของระบบบดและควบคุมเชิงกล เครื่องย่อยขยะทางการแพทย์จึงสามารถบำบัดของเสียได้อย่างมีประสิทธิภาพ ควบคุมได้ และถูกสุขลักษณะ